Начну по порядку.

У всех нас (почти всех), сервера настроены так... Работает, через 8 -12 часов перезагрузка, автоматическое включение дзенеров и так по кругу.

Сейчас при такой схеме, вылетают два косяка. 1) Не получилось соединиться с сервером. Вылетает такая ошибка, и соответственно копия не включается.
Как ранее писал, решается элементарно, вместо ошибки можно сделать паузу, и потом повторная попытка переподключения.
Следующая ошибка, открывается окошко маленькое, обновление... И зависает. Вначале я думал, что может из-за перегруженных серверов такое, однако нет, она вылазиет часто и на самых первых копиях... И еще рекомендует, закрыть программу и скачать все заново. Закрытие ошибки и опять включение дзенера... И ошибка не появляется, до следующей перезагрузки.

Т. е. явные косяки в программе.

Далее, из-за того, что запарило включать все копии вручную, решил отказаться от перезагрузки серверов, просто поставил програмку, которая чистит память от левого мусора.
Сутки проработало идеально, но после начали вылазить пачками ошибки: программа уже запущена с этой папки -_0

Я понимаю, что вы сейчас заняты, оптимизацией серверов, но... Думаю важнее все таки сделать программу рабочей. Представляете как геморойно перезапускать дзеннеры вручную когда их от 100 и более копий.
До вашего повышения баллов, все работало как часы. Включил и забыл. Месяцами работали без вылетов. Прошу взять себя в руки и разобраться.